甘肃省农业科学院畜草与绿色农业研究所成立于2006年11月，是集畜牧、草业、绿色农业研究为一体的综合性科研机构。主要从事畜禽品种改良、牛羊健康养殖、牧草育种栽培、饲草饲料开发利用、藜麦育种栽培及综合开发利用，以及科技扶贫、技术培训等方面的社会公益性科研及推广工作。下设养牛、养羊、饲草、饲料、绿色农业、农产品分险分析、农产品营养功能、农业环境评价8个专业研究室，现有职工50人，副高以上技术职务28人，中级职称21人，其中博士10人，硕士26人，入选甘肃省领军人才2人。

重点成果主要有：盘欧藏羊新品种、饲用高粱新品种（陇甜粱1号、2号）、抗蚜紫花苜蓿品种（甘农5号、J品系）、陇藜系列藜麦新品种（陇藜1号、陇藜2号、陇藜3号、陇藜4号）、旱作区饲用高粱高产栽培技术、人工放牧草地建植技术、种养结合生态循环生产技术与模式、袋装青贮技术、种饲用甜高粱养牛羊产业助推模式等。

主要科研平台包括：甘肃省牛羊种质与秸秆饲料化重点实验室、反刍家畜及粗饲料资源利用联合共建实验室、草食畜可持续发展研究甘肃省国际科技合作基地、国家引才引智示范基地、甘肃省草食畜产业创新工程研究中心、甘肃藜麦育种栽培技术及综合开发工程研究中心、动物营养与饲料研究中心、天祝高寒试验站等。拥有实验室8间，面积600m²，各类仪器设备100多台件，其中大型仪器10多件。

目前，承担的主要项目有国家自然基金《断尾激活PPARγ通路诱导兰州大尾羊肌内脂肪沉积的分子机制》、《枯草芽孢杆菌通过激活断奶羔羊免疫应答机制》、科技部外国专家项目《藜麦抗逆优异种质资源引进与新品种选育》、甘肃省重点人才项目《甘肃肉牛育种技术平台与高端人才队伍培养项目》、《藜麦提质增效关键技术及科技人才培育》、甘肃省畜牧良种补贴项目《科技支撑与创新“平凉红牛新品种培育”》、甘肃省种业攻关和农业科技支撑项目《藜麦提质增效配套技术集成与示范》、甘肃省现代农业科技支撑体系区域创新中心项目《陇东南地区优质饲草高效生产加工利用技术复成与示范》等30余项。